- Jeho experimentální metody nebyly vždy přesné. Někdy se spoléhal na neoficiální důkazy a ne vždy kontroloval proměnné. To vedlo k tomu, že některé jeho závěry byly nesprávné.
- Někdy byl příliš rychlý na zobecnění ze svých experimentů. Často dělal rozmáchlá prohlášení založená na omezeném počtu pozorování. To vedlo k přílišnému zjednodušení některých jeho teorií.
- Nebyl vždy otevřený novým nápadům. Někdy byl odolný vůči novým teoriím, které byly v rozporu s jeho vlastními. To mu zabránilo učinit některé důležité objevy.
Navzdory těmto slabostem byl Robert Boyle skvělým vědcem, který významně přispěl k vědě. Jeho práce pomohla položit základy moderní chemie a fyziky.