- Morálka a užitečnost (1891):Thomson v této knize tvrdí, že morálka je založena na užitku neboli principu maximalizace štěstí a minimalizace bolesti. Obhajuje tento postoj proti různým výtkám, včetně obvinění, že vede k egoismu a že nemůže vysvětlit morální význam určitých činů.
- Utilitaristická teorie práva (1893):Thomson v tomto díle aplikuje princip užitečnosti na filozofii práva. Tvrdí, že zákon by měl být navržen tak, aby podporoval co největší štěstí co největšího počtu lidí, a že tento princip by měl být použit k výkladu a hodnocení právních předpisů a rozhodnutí.
- Politická etika (1895):Thomson v této knize pojednává o etických základech politických institucí. Tvrdí, že stát je oprávněný jako prostředek k podpoře lidského blaha a že nejlepší forma vlády je taková, která tohoto cíle nejúčinněji dosáhne.
- Problém zla (1910):Thomson se v tomto díle zabývá otázkou, proč je na světě zlo, pokud existuje Bůh. Tvrdí, že zlo není v rozporu s existencí dobrotivého Boha a že jej lze vysvětlit principem svobodné vůle a konečnosti lidských bytostí.
- Historie starověké filozofie (1921):Tato kniha poskytuje ucelený přehled dějin filozofie od starověkých Řeků po období středověku. Thomson diskutuje o hlavních filozofech a filozofických směrech tohoto období a analyzuje jejich příspěvky k filozofii.
To jsou jen některé z děl Francise Paula Thompsona. Byl plodným spisovatelem a jeho díla měla významný vliv na vývoj morální a politické filozofie.