V roce 1989 vstoupil Christian Brando k soudu v Los Angeles, aby čelil obvinění z vraždy. Byl souzen a odsouzen za to, že v roce 1990 ubil Daga Drolleta k smrti a byl odsouzen k 10 letům vězení. Drollet byl přítelem Brandovy nevlastní sestry Cheyenne.
Po usvědčení z vraždy se Brandův život dále stáčel ve spirále dolů do zneužívání drog a sebezničení. Zůstal uvězněn až do roku 1996, kdy byl předčasně propuštěn poté, co si odpykal méně než polovinu z desetiletého trestu.
V lednu 2005 byl Brando znovu zatčen, tentokrát za údajnou krádež šperků v hodnotě 2 milionů dolarů od své vlastní matky. Obvinění proti němu byla později zamítnuta.
Na konci roku 2006 byl Christian Brando hospitalizován poté, co utrpěl plicní infekci. Následně mu byl diagnostikován zápal plic a převezen do UCLA Medical Center v Los Angeles v Kalifornii.
Christian Brando zemřel 26. ledna 2008 v lékařském centru UCLA ve věku 49 let. Příčinou smrti byl zápal plic a komplikace selhání jater.
Brandova smrt ve věku 49 let znamenala smutný a tragický konec života, který mohl být naplněn tolika sliby a potenciálem. Místo toho to byl život tragicky přerušený závislostí a násilím.