Přesná příčina jeho smrti není známa, ale věří se, že byl infarkt Kvůli tvrdým podmínkám, které vydržel. Byl nalezen mrtvý poblíž jeho stanu a jeho tělo bylo pohřbeno pod sněžením.
Je důležité si uvědomit, že Wegenerova teorie kontinentálního driftu, kterou navrhl v roce 1912, nebyla během svého života široce přijímána. Zemřel relativně neznámý vědec, ale jeho průkopnická teorie byla nakonec prokázána jako správná a nyní je považován za jednu z nejdůležitějších osobností v historii geologie.