Toto album je mnohými považováno za velký opus Flaming Lips. Jde o koncepční album, které vypráví příběh robota jménem Yoshimi, který bojuje se zlou mimozemskou rasou. Album je plné experimentálních zvuků a psychedelických efektů a obsahuje některé z nejznámějších písní kapely, jako je "Do You Realize?" a "Yoshimi bojuje s růžovými roboty, Pt. 1".
* The Soft Bulletin (1999)
Toto album je další klasikou Flaming Lips. Je to experimentálnější a psychedeličtější album než Yoshimi Battles the Pink Robots a obsahuje některé z nejkrásnějších a nejstrašidelnějších písní kapely, jako jsou „Race for the Prize“ a „Waitin' for a Superman“.
* Embryonální (2009)
Toto album je návratem k experimentálnějším kořenům Flaming Lips. Je to hlučné, chaotické a psychedelické album, které je plné překvapení. Není pro každého, ale pro fanoušky experimentální hudby je to povinnost.
* Ve válce s mystiky (2006)
Toto album je více politické a společensky uvědomělé album než předchozí alba Flaming Lips. Obsahuje písně o válce, chudobě a ničení životního prostředí. Je to silné a dojemné album, které určitě zanechá trvalý dojem.
* Americká hlava (2006)
Toto album je přímočařejší rockové album než předchozí alba Flaming Lips. Obsahuje některé z nejvíce chytlavých a hymnických písní kapely, jako je "The W.A.N.D." a "Koho miluješ?".