- Braniborské koncerty č. 1-6, BWV 1046-1051 (c.1721)
- Cello Suites č. 1-6, BWV 1007-1012 (cca 1720-23)
- Dobře temperovaný klavír, Knihy 1 a 2, BWV 846-893 (1722, 1744)
- Goldbergovy variace, BWV 988 (asi 1741-42)
- Mše h moll, BWV 232 (asi 1733-38)
- Matoušovy pašije, BWV 244 (1727)
- St John Passion, BWV 245 (1724)
- Orchestral Suites č. 1-4, BWV 1066-1069 (cca 1725-30)
- French Suites, BWV 812-817 (cca 1725)
– English Suites, BWV 806-811 (cca 1715)
- Partitas pro sólové housle, BWV 1002-1006 (c.1720)
- Sonáty a partity pro sólové housle, BWV 1001-1006 (c.1720)