Některé písně Slayer, které jsou kritické vůči křesťanství, zahrnují „Angel of Death“, „South of Heaven“ a „Raining Blood“. Tyto písně obsahují texty, které jsou kritické vůči katolické církvi, Bibli a pojetí Boha. Je však důležité poznamenat, že tyto písně nemají být brány doslovně a že jsou jednoduše formou uměleckého vyjádření.
Hudba Slayer byla kritizována některými náboženskými skupinami, které věří, že podporuje násilí a nenávistné projevy. Kapela však svou hudbu hájila s tím, že je chráněna prvním dodatkem ústavy Spojených států amerických.
Celkově je Slayer kontroverzní kapela, která byla kritizována za její protikřesťanská témata. Sami členové kapely však prohlásili, že nejsou protikřesťanští a že jejich hudbu není třeba brát vážně.