Degradace organických materiálů: Hudební nástroje a další předměty související s hudbou, jako jsou bubny, flétny a chrastítka, jsou často vyrobeny z organických materiálů, které se časem rozkládají. To ztěžuje hledání a studium těchto artefaktů.
Kulturní změny a migrace: Jak se kultury vyvíjejí a migrují, mění se i jejich hudební tradice. To ztěžuje sledování vývoje hudby v čase, zvláště při nedostatku písemných záznamů.
Omezení archeologických důkazů: Archeologické vykopávky mohou poskytnout určitý pohled na hudební praktiky raných kultur, jako je objev hudebních nástrojů nebo zobrazení hudebníků v umění. Tyto poznatky však mohou být kusé a nemusí poskytovat úplný obraz o jejich hudebních tradicích.
Subjektivní výklady: Při interpretaci archeologických důkazů nebo historických zpráv mohou badatelé činit subjektivní soudy o významu a významu těchto nálezů. To může vést k různým výkladům a neshodám mezi vědci.
Utajení a exkluzivita: Některé hudební praktiky mohly být drženy v tajnosti nebo omezeny na určité skupiny lidí v rámci společnosti, takže pro lidi zvenčí bylo obtížné se o nich dozvědět.