* Piano: V rozhovorech se zmínil o hře na klavír a v některých rolích na něj dokonce vystupoval.
* Kytara: V některých televizních vystoupeních byl viděn hrát na kytaru a dokonce vystupoval s kapelou.
* bicí: Své bubenické umění předvedl v několika vystoupeních.
* Ukulele: Má doma ukulele a projevil zájem se ho naučit.
I když není profesionálním hudebníkem, zdá se, že Neil Patrick Harris rád hraje na různé nástroje pro zábavu a dokonce je začlenil do své práce.