Flétna má také klíčový systém, který umožňuje hráči snadno a rychle otevírat a zavírat tónové otvory. Tento klíčový systém se skládá z řady páček a tyčí, které jsou spojeny s tónovými otvory. Po stisknutí klávesy se otevře odpovídající tónový otvor a po uvolnění klávesy se odpovídající tónový otvor zavře.
Změnou délky vzduchového sloupce a otevíráním a zavíráním tónových otvorů může flétnista produkovat širokou škálu tónů. Nejnižší tón, který může flétna produkovat, je C pod středním C a nejvyšší tón, který může flétna produkovat, je C tři oktávy nad středním C.