Zde jsou některé z nejznámějších Bachových skladeb pro každý nástroj:
Klavír:
- The Well-Tempered Clavier (dvě sady preludií a fug ve všech 24 durových a mollových tóninách)
- Goldbergovy variace
- Francouzské apartmány
- Anglické apartmány
- Partitas
- Vynálezy a Sinfonie
Orgán:
- Toccata a fuga d moll
- Preludium a fuga Es dur
- Fantazie a fuga g moll
- Passacaglia a fuga c moll
- Chorálové preludia
Housle:
- Sonáty a partity pro sólové housle
- Koncert pro dvojí housle
- Houslové koncerty č. 1 a 2
Viola da gamba:
- Šest apartmánů pro Viola da Gamba
- Sonáty pro violu da Gamba a cembalo
Violoncello:
- Šest apartmánů pro violoncello
- Violoncellové koncerty č. 1 a 2
- Suity pro violoncello
Flétna:
- Sonáty pro flétnu
- Flétnové koncerty
Hoboj:
- Hobojové koncerty
- Hobojové sonáty
Fagot:
- Koncert pro fagot
- Sonáty pro fagot
Trubka:
- Braniborský koncert č. 2
- Koncert pro trubku D dur
Trombon:
- Braniborský koncert č. 1
- Chorálové preludia s pozouny
Bachovy skladby zahrnují také četná vokální díla, jako jsou kantáty, moteta, vášně a oratoria. Mezi jeho nejznámější vokální díla patří:
- Matoušské pašije
- Svatojánské pašije
- Mše h moll
- Magnificat
- Vánoční oratorium
- Velikonoční oratorium