Mozart a Schikaneder na vzniku opery úzce spolupracovali. Dílo původně pojali jako pohádkovou operu, postupem času se však vyvinulo ve vážnější a komplexnější dílo, které zkoumalo témata lásky, přátelství a hledání moudrosti a osvícení.
Mozartova hudba pro Kouzelnou flétnu je charakteristická svou krásou, rozmanitostí a emocionální hloubkou. Opera obsahuje širokou škálu hudebních čísel, včetně árií, duetů, souborů a sborů, stejně jako instrumentální pasáže, které zvyšují dramatičnost příběhu.
Úspěch Kouzelné flétny zajistil Mozartovi pověst jednoho z největších skladatelů opery. I nadále se pravidelně hraje po celém světě a je považováno za jedno z mistrovských děl operní literatury.