- Hudba orchestru:
- Braniborské koncerty (1721)
- Orchestrální suity (1720-1723)
- Houslové koncerty (1717-1723)
- Hudba na klávesy:
- Dobře temperovaný klavír (1722, 1744)
- Goldbergovy variace (1741)
- Francouzská apartmá (1722-1725)
- Vynálezy a sinfonie (1723)
- Varhanní hudba:
- Toccata a fuga d moll (asi 1703-1707)
- Passacaglia a fuga c moll (kolem roku 1708)
- Preludium a fuga G dur (asi 1730–1735)
- Vokální hudba:
- Matoušovy pašije (1727)
- St John Passion (1724)
- Magnificat (1723)
- Vánoční oratorium (1734-1735)
- Další díla:
- Das Musikalische Opfer (The Musical Offering) (1747)
– Umění fugy (asi 1749–1750)
- kantáty (přes 200)
- mše (6)