* Čestná legie (Legion d'honneur) , nejvyšší francouzský řád za zásluhy, mu byl udělen v letech 1878 a 1881.
* Copleyova medaile (1874) , jedno z nejstarších a nejprestižnějších vědeckých ocenění od Royal Society of London.
* Albertova medaile (1882) , kterou udělila Královská společnost umění jako uznání za jeho mimořádný přínos vědě a technice.
* Byl také zvolen do několika prestižních akademií , včetně Francouzské akademie věd, Královské společnosti v Londýně a Académie Française.
To jsou jen některé z mnoha ocenění a vyznamenání, kterých se Louisi Pasteurovi během jeho kariéry dostalo. Je široce považován za jednoho z nejvýznamnějších vědců všech dob a jeho práce měla hluboký dopad na lidské zdraví a pohodu.