1. Rytíř komtur Řádu italské koruny :V roce 1889 italský král Umberto I. vyznamenal Flaglera titulem rytíř komandér Řádu italské koruny. Toto prestižní ocenění mu bylo uděleno jako uznání jeho přínosu k rozvoji cestovního ruchu na Floridě.
2. Čestná legie :V roce 1904 byl Flagler vyznamenán Čestnou legií, což je nejvyšší vyznamenání udělené vládou Francie. Tato pocta byla udělena Flaglerovi za jeho úspěchy v hotelovém průmyslu a jeho příspěvky k rozvoji Francouzské riviéry.
3. Rooseveltova medaile :V roce 1915 Flagler obdržel Rooseveltovu medaili od Národní občanské federace, prestižní organizace, která se věnuje prosazování sociálních a ekonomických reforem. Medaile byla udělena jako uznání Flaglerovy vize, vedení a filantropie.
4. Čestné tituly :Flagler byl také oceněn několika vzdělávacími institucemi za své úspěchy. Získal čestné tituly ze Stetson University, Rollins College a University of Florida, mezi ostatními. Tyto tituly uznaly jeho přínos ke vzdělání a jeho závazek k rozvoji znalostí.
5. Občanské a komunitní vyznamenání :Kromě těchto formálních ocenění byl Flagler po celý život vyznamenán také různými občanskými a komunitními organizacemi. Obdržel četné plakety, certifikáty a rezoluce, které oceňují jeho příspěvky k růstu a rozvoji různých regionů na Floridě.
Tato ocenění a vyznamenání odrážejí vysokou úctu, kterou Flagler během svého života choval. Byl široce uznáván pro jeho vizionářského ducha, jeho oddanost budování turistického průmyslu na Floridě a jeho filantropické úsilí, které zanechalo trvalý dopad na stát.