V této sérii je hlavní hrdina Mikey Kudo a jeho přátelé přeneseni do Digitálního světa a spojí se s partnery Digimon. Avšak místo toho, aby byli přímo transformováni, stanou se „srostlými“ se svými Digimony, což má za následek hybridní formu člověk-Digimon nazvanou „Fusion Fighters“. To jim umožňuje využívat schopnosti Digimonů a bojovat po jejich boku.
Série zkoumá témata přátelství, týmové práce a překonávání výzev a zároveň se orientuje v nebezpečích digitálního světa.