Hlavní role:
* Doogie Howser, M.D. (1989-1993): Jeho průlomová role jako dospívajícího zázračného lékaře.
* Jak jsem poznal vaši matku (2005–2014): Hrál okouzlujícího a milého Barneyho Stinsona.
* Série nešťastných událostí (2017–2019): V této adaptaci temné komedie ztvárnil zlověstného hraběte Olafa.
* Je to hřích (2021): V tomto uznávaném dramatu o krizi AIDS v Londýně hrál Henryho, přítele hlavních postav.
* Odpojeno (od roku 2022): V současné době hraje Michael Lawson, nedávno rozvedený muž pohybující se na scéně seznamování v New Yorku.
Opakující se role:
* Starship Troopers (1997): Objevil se jako voják jménem vojín Carl Jenkins.
* Simpsonovi (2000): Host hrál jako zpívající číšník v epizodě „The Mansion Family“.
* Americký táta! (2009–současnost): Vyjádří postavu Steva Smithe.
* Teorie velkého třesku (2010–2019): Měl opakující se roli jako postava Barneyho Stinsona.
Vystoupení hostů:
* Muppets (1976-1981): Objevil se v několika epizodách.
* Dr. Quinn, Medicine Woman (1993): Vystupoval jako host jako mladý lékař.
* Západní křídlo (2000–2006): Hrál roli hosta v epizodě.
* Prohra (2004–2010): Měl nezapomenutelné hostování jako tajemná postava.
* Glee (2009–2015): Host hrál v několika epizodách jako veselý Bryan Ryan.
Toto není vyčerpávající seznam, ale zahrnuje nejvýznamnější televizní pořady, na kterých se Neil Patrick Harris podílel. Je známý svou všestranností a komediálním načasováním a nadále přijímá různé role napříč různými žánry.