Televize:
* Muži se špatně chovají (1992–1998): Tato situační komedie uvedla Clunes do mainstreamového úspěchu, kde hraje kouzelně nešťastného Garyho.
* Doktor Martin (2004–dosud): Snad nejikoničtější role Clunesa, hrajícího drsného, ale milého doktora v cornwallském městě Portwenn.
* Reggie Perrin (2007-2009): Remake klasického britského sitcomu „Vzestup a pád Reggieho Perrina“.
* Velký útěk (2003): Dvoudílná minisérie, kde Clunes ztvárnil Rogera Bushella.
* Jonathan Creek (2000–2016): Objevil se v několika epizodách této záhadné série jako nejlepší přítel hlavní postavy, manžel Maddy.
* Velitel (1998–2000): Hrál hlavní roli velitele Jacka Harpera, důstojníka Royal Naval.
* William a Mary (2003-2010): Objevil se jako opakující se postava, švagr titulní postavy.
* The Palace (2008): Hrál roli člena královské rodiny v tomto satirickém komediálním seriálu.
* Hunt na muže (2019): V tomto seriálu o skutečném zločinu o dopadení Leviho Bellfielda ztvárnil DCI Colina Suttona.
* Královnin nos (2001): Vyjádřený charakter mluvícího psa, "Queen's Nose", v tomto seriálu pro děti.
Filmy:
* Tlukot srdce (1992): Clunes hrál ve filmové verzi populárního seriálu ITV.
* Jezera (2000): Romantický thriller, kde Clunes hraje muže posedlého ženou.
* Stroj času (2002): Hrál roli Alexandra Hartdegena, vědce, který cestuje do budoucnosti.
* Poslední detektiv (2003): Detektivní thriller na motivy série románů autora Michaela Connellyho.
* Tři a ven (2011): Temná komedie, kde Clunes hraje stárnoucího fotbalistu.
* The Legend of Barney Thomson (2015): Černá komedie, kde Clunes hraje holiče, který se náhodou stane sériovým vrahem.
* SuperBob (2015): Hrál mírného muže, který je nucen stát se superhrdinou.
Toto není vyčerpávající seznam, ale obsahuje některé z jeho nejpozoruhodnějších a nejznámějších projektů.