2. Stacionární fáze :Při gelové elektroforéze je stacionární fází gel (agaróza nebo polyakrylamid), zatímco při papírové chromatografii je stacionární fáze list savého papíru.
3. Separace látek :Rozdíl v rychlostech pohybu přes stacionární fáze odděluje látky v obou technikách.
4. Vizualizace :Po separaci jsou látky vizualizovány pomocí vhodných metod barvení nebo detekce.