- Špatné námořnické umění: Drakeovy rané cesty byly poznamenány špatným námořnickým uměním a neuváženými rozhodnutími, což vedlo ke ztrátě několika lodí a členů posádky.
- Nedostatek zkušeností: Drake měl málo zkušeností s vedením velké flotily lodí a jeho posádky byly často nezkušené a nedisciplinované.
- Špatné počasí: Drakeovy cesty byly často sužovány špatným počasím, včetně bouří a mlhy, které činily navigaci a plavbu nebezpečnou.
- Nemoc: Nemoci byly neustálou hrozbou pro Drakeovy posádky a mnoho námořníků zemřelo na kurděje, úplavici a další nemoci.
- Nepřátelští domorodci: Drake se v mnoha částech světa setkal s nepřátelskými domorodými kmeny a často byl nucen bojovat, aby bránil své lodě a posádky.
- Španělské válečné lodě: Španělé byli Drakeovým hlavním nepřítelem a vyslali několik válečných lodí, aby ho ulovily a zničily jeho flotilu.