Existují však určité komplikace:
* Ztracená díla: Mnohá z jeho děl byla ztracena v čase, zničena nebo jsou stále neobjevena.
* Spolupráce: Van Eyck pravděpodobně spolupracoval s jeho dílnou, takže některé obrazy, které mu byly připisovány, mohly být provedeny asistenty.
* Atribuce: O některých dílech se mezi historiky umění vedou debaty o tom, zda je namaloval pouze Van Eyck nebo částečně jeho dílna.
Takže i když máme rozumnou představu o jeho dochovaném díle, skutečný počet obrazů, které vytvořil, zůstává záhadou.